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El argumento de la serie se centra en la historia de un grupo de jóvenes guerreros denominados "Santos" o "Caballeros", cuyo protagonista principal es Seiya (Santo o Caballero que porta la Armadura -Cloth- de Pegaso). Estos guerreros luchan del lado de La Diosa Griega Atenea o Athena reencarnada en la humana Saori Kido para proteger a la humanidad de las fuerzas del mal que quieren dominar la Tierra. Para sus batallas, cada santo utiliza su energía interior ligada al universo (El "Cosmos"), sus técnicas especiales de lucha, y sus armaduras (originalmente llamada cloth), todas inspiradas en cada una de las 88 constelaciones, las cuales los representan como Caballeros o Santos de Athena, los protegen en los combates.
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Saga del Torneo Galáctico
Primera Subsaga de la Saga del Santuario; Empieza cuando Mitsumaza un acaudalado y millonario hombre japonés viaja a Grecia y encuentra a un moribundo Aioros con una bebe en brazos, este le comenta que fuerzas del mal han tomado El Santuario de Grecia intentado asesinar a esa inocente criatura que además era la reencarnación de la Diosa Athena que solo viene cada 200 años para salvar a la humanidad.
Mitsumaza coge a este niña como su nieta para protegerla y la escuda bajo el nombre de Saori Kido, unos años más tarde recluta a 10 jóvenes muchachos y los envía diferentes partes del mundo con la misión de volverse caballeros y conseguirlas preciadas armaduras, pasado los 6 años de entrenamiento todos vuelven a la mansión del Sr. Kido incluido Seiya (El Caballero de Pegaso) y se lleva una terrible noticia que su hermana cuando se lo llevaron había salido en su busca y estaba desaparecida, esto ocasiona la ira de Seiya, Pero la astuta Saori le propone un trato si el participa en el Torneo Galáctico (Torneo en el que participan los 10 caballeros de bronce para obtener como Trofeo La Armadura Dorada de Sagitario), Seiya se niega lo que ocasiona la ira de Haboo (El Caballero de Unicornio) quien lo ataca sorpresivamente y Seiya le regresa el ataque y Saori les dice que detengan, Seiya viendo la hostilidad se va sin nada más que decir.
Después pasa un tiempo y Seiya convencido por Mino decide participar en el Torneo con el objetivo de que su hermana lo vea participar en el por la TV y logren reunirse.
Saga de los Caballeros Negros
Segunda Subsaga de la Saga del Santuario; Ikky aparece en el torneo galáctico y se apodera de la armadura Dorada de Sagitario robándola, Seiya, Shiryu, Shun y Hyoga van en busca de Ikky y sus caballeros renegados para recuperar la armadura dorada, recuperando unas cuantas partes de la armadura de oro.
Ikky logra huir y al ver perdida las piezas de la Armadura envía una carta desafiando a Seiya un combate a muerte, otorgándosele al ganador la totalidad de piezas de la armadura, Saori preocupada por Seiya ya que su armadura sufrió daños quedando inservible, le pide que no se arriesgue demasiado, ya que Shiryu va en busca del Sabio Maestro Dohko para que le explique la manera de como cumplir su misión, para partir a Jamir, donde un mítico personaje; para que repare las armaduras de Pegaso y Dragón.
Una vez preparados los caballeros de se dirigen a la Isla de La Reina Muerte escondite de Ikky y Los Caballeros Negros Renegados, para recuperar las piezas robadas de la Armadura Dorada de Sagitario.
Saga de los Caballeros de Plata
Tercera Subsaga de la Saga del Santuario: Arles el Malévolo Patriarca del Santuario y Líder de la Orden de los Caballeros Dorados, al ver fallido su intento de robar la Armadura Dorada de Sagitario decide enviar a un Caballero de Plata para asesinar a Seiya y así destruir la moral de sus enemigos.
Seiya quien camina tranquilo con Mino por la playa, se reencuentra con su Maestra Marín de Águila (Caballero Femenino de Plata) y Seiya emocionado le pregunta como esta, cuando aparece el Caballero Plateado Misty de Lagarto, quien amenaza a Seiya diciéndole que desaparezca o que muera, entonces este decide enfrentarlo en una batalla a muerte.
