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Han pasado 3 años desde que la nave espacial Nadesico escapó de la Batalla Final en Marte frente a la Federación Joviana, llevándose consigo la caja negra de salto orgánico (cuya desaparición traería finalmente la paz entre terricolas y jovianos) y abandonando a Akito y a Yurika para que ambos comenzaran una nueva vida. Ahora Ruri es la capitana de la nave Nadesico-B y mientras ella y su tripulación investigan una colonía de la que se tienen sospechas de rebelión a la Unión Tierra-Jupiter, un ataque informático a ese lugar dará inicio a la investigación de un misterio que atormenta a todos los antiguos tripulantes del Nadesico: ¿Quienes fueron los responsables del ataque aéreo que, dos años antes, aparentemente acabó con las vidas de Akito, Yurika e Inés Freezange?, ¿Cual fue el propósito de ese ataque?, ¿Que paso con sus cadáveres?, ¿O acaso ellos siguen con vida? y, si lo anterior es cierto, ¿Qué ha pasado con ellos en los dos años en los que se les creía muertos?
