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Esta historia se desarrolla a inicios de la Tercera Guerra Mundial, en una pacifica ciudad de Japon en la isla Hokkaido, y cercana a la capital, Sapporo. La historia muestra la vida de dos estudiantes del tercer año de una preparatoria en Hokkaido, Shuji y Chise. Chise es una chica tranquila, timida y algo torpe, que declara su amor a Shuji, un tipico estudiante con grandes rasgos atleticos para su edad, el cual no es muy bueno manejando este tipo de relaciones. Al principio existen dificultades para sobresalir como pareja, ya que ambos no saben expresar muy claramente sus sentimientos. Para aminorar esta situacion, los dos comienzan a escribir un diario de vida compartido, en donde anotarian todas las vivencias que tuvieran como pareja, siendo a la vez una pequena historia de amor, que a la larga se convertiria en una historia sobre el fin del mundo.
Un día, Shuji intenta escapar de un bombardeo. Mientras escapa del ataque aereo, ve a Chise, con una gigantesca arma que formaba parte de su brazo, aniquilando a los enemigos. Al parecer, Chise es el arma definitiva con un poder destructivo que es importantísimo para la guerra.
¿Cómo puede Shuji afrontar la realidad de que su amor se ha convertido en una arma definitiva con un gran poder destructivo?
