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La historia se centra en Keiichi Morisato, un estudiante universitario que adora los coches y las motos. Un día, Keiichi llama accidentalmente a una “línea de diosas”, y la hermosa diosa Belldandy aparece detrás de él, ofreciéndole un deseo. Asumiendo que es una broma, Keiichi desea que Belldandy (que encuentra muy atractiva) permanezca con él para siempre, y su deseo es inmediatamente concedido. Esto se complica cuando las hermanas de Belldandy, Urd y Skuld, se mudan con ellos, trayéndoles muchísimos más problemas.
Las tres diosas están basadas en las normas de la mitología nórdica Urd, Verdandi/Verthandi y Skuld, que representan el pasado, el presente y el futuro y viven en uno de los pozos que alimentan al Yggdrasil, y lo protegen. Las diosas acceden a un sistema informático denominado como el árbol, que en la mitología es el árbol que sostiene a todos los mundos, un fresno.
