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La historia del anime se encuentra basada en la historia de Arcueid (final Tsukihime: True Ending Arcueid) del juego, donde sigue la vida de Shiki Tohno, un prodigioso estudiante de secundaria de 17 años, dotado de una misteriosa habilidad para ver las "Líneas de la Muerte", las cuales, cuando son cortadas, destruyen el objeto o el ser en el que estaban.Un producto de una herida que sufrió en su niñez que casi le cuesta la vida, esta única aunque traumatizante habilidad de Shiki está escudada y oculta por un par de lentes especiales, un regalo de su niñez hecho por una misteriosa mujer, Aoko Aozaki. Ésos lentes lo ayudan a evitar ver las Líneas de Muerte y vivir una vida relativamente pacífica y normal.
Después del accidente Shiki es enviado a vivir fuera de su casa (la Mansión Tohno), a causa de la herida fatal que sufrió y la mala salud que le siguió luego. Duró años viviendo con parientes de la familia Tohno, los Arimas. Finalmente, después de ocho años, y luego de la muerte de su padre, Makihisa, Shiki regresa a la Mansión Tohno a vivir con su hermana, Akiha Tohno.
Akiha tiene la responsabilidad, siendo la heredera de la familia Tohno, de llevar las riendas y ser la nueva matriarca de la familia.
Un día comienza a sentirse mal en la escuela, por sus problemas de anemia, y su maestro lo deja irse a casa. Mientras camina a casa de regreso pasa por un parque donde ve a una chica, a la cual se siente extrañamente atraído, Shiki la sigue y sorprendentemente la descuartiza en 17 pedazos. Al terminar, Shiki, imprevistamente se desmaya.
Cuando despierta en su cama cerca de Akiha y Hisui, ella afirma que lo encontró en el parque desvanecido y así Shiki comienza a recordar lo que paso por esto le pregunta si no había nadie más en el parque aparte de él cuando ella lo encontró, Hisui extrañada le responde que no.
Al día siguiente Shiki duda sobre si lo que paso fue real o un sueño, pero en ese momento escucha una voz que le dice "por fin te encontré", Shiki voltea y encuentra a la chica que había descuartizado el día anterior.
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