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Siete niños disfrutan de sus vacaciones de verano en un campamento, cuando de repente, se ven envueltos en un misterios mundo: El Mundo Digital. Un mundo paralelo al suyo formado a partir de datos digitales. Allí conocen a sus compañeros los digimon, y juntos tendrán que solucionar los extraños sucesos que aterran la Isla File, provocados por Devimon. Pero tal vez no sea esa el único motivo por el que aparecieron en aquél misterioso mundo, tendrán que afrontarse a más de una aventura para descubrirlo y volver a su mundo original. La trama de la serie se puede dividir en cinco etapas. La primera es la Saga de Devimon, que esta compuesta por los primeros 13 episodios. La segunda, la Saga de Etemon, siendo la segunda corta, con solo 7 episodios. La tercera es la Saga de Myotismon, esta etapa fue la mas larga, cuenta con 19 episodios. La penúltima etapa es la Saga de los Darkmasters, esta compuesta por 13 episodios. La ultima etapa es la Saga de Apocalymon la cual consta de los dos últimos episodios de la serie.
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Saga de Devimon
En la primera etapa, siete niños se marchan a un campamento de verano a pasar sus vacaciones, pero una vez allí son transportados al Digimundo, donde conocerán a ciertos digimon que se convertirán en sus compañeros. Tras hacer frente a digimons infectados por Ruedas Negras o "Engranajes negros", y descubrir que se encuentran sobre una isla, la Isla File, tienen un primer encuentro con el que será su primer gran enemigo, Devimon, un digimon maligno que anda detrás de las ruedas y que les tiende una trampa, separando la isla en siete trozos para alejar a los que ya empiezan a ser denominados como Niños Elegidos. Éstos consiguen, sin embargo, reunirse de nuevo y vencer en un complicado combate a Devimon gracias al sacrificio de Angemon que renace convirtiéndose en un digihuevo.
Saga de Etemon
La segunda etapa tiene como centro de la trama los emblemas de los Niños Elegidos. Estos emblemas, necesarios para que sus compañeros Digimon alcancen una mayor digievolución se encuentran escondidos en el continente Server o "Servidor", al cual los niños se dirigen después de salir de la Isla File. Éstos emblemas muestran la cualidad más importante de cada uno: Tai, el valor; Matt, la amistad; Sora, el amor; Mimi, la pureza; Joe, la sinceridad (honestidad en la original), Izzy la sabiduría o conocimiento T.K, la esperanza. Una vez allí tendrán que eludir a un nuevo enemigo, Etemon, quien tratará por todos los medios de acabar con ellos. Después de conseguir todos los emblemas, los Niños Elegidos entablan un combate contra Etemon. En la batalla final, logran derrotarlo, gracias a MetalGreymon pero al explotar Etemon, provoca un agujero negro que transporta a Tai y a su compañero digimon, Agumon al mundo real, donde descubren que apenas ha pasado unas horas desde su viaje al Digimundo, aunque en el Digimundo en realidad pasaron varios meses. No tardan en regresar al Digimundo, tras lo cual tendrán que encontrar a sus amigos, quienes se han separado para encontrarles. Aquí entra en escena Myotismon, un nuevo enemigo que se sirve de un siervo, Demidevimon, para poder eliminar a los Niños Elegidos cuando más vulnerables están, que es antes de que sus emblemas, cuyos significados conoce, empiecen a brillar. Los niños y sus digimon consiguen frustrar sus planes.
Saga de Myotismon
En la tercera etapa los niños elegidos logran regresar al mundo real y descubren la existencia de un octavo niño elegido. Tras volver a sus casas, empiezan la búsqueda de ese niño elegido quien resulta ser Kari, la hermana de Tai, que también posee un emblema, el de la luz. Con la ayuda de un sirviente renegado de Myotismon, Gatomon, quien resulta ser el digimon compañero de Kari, consiguen derrotar a su enemigo con su evolución Angewomon, el cual renace a las pocas horas como Venom Myotismon. Sólo cuando Agumon y Gabumon, los digimon de Tai y Matt evolucionan a una forma suprema es cuando acaban con Myotismon, tras lo cual el digimundo aparece reflejado en el cielo. Para encontrar una explicación a este fenómeno, los ocho Niños Elegidos regresan allí.
Saga de los Darkmasters
En esta etapa entran en escena los Darkmasters (Amos oscuros), quienes se apoderaron del digimundo en el tiempo en que los Niños Elegidos estuvieron en el mundo real. A pesar de un enfrentamiento entre Tai y Matt, quienes divide al grupo, consiguen derrotarlos uno por uno, mientras se van narrando las aventuras de los niños mientras están separados.
Saga de Apocalymon
En la última etapa tras derrotar a los Amos Oscuros los niños se enteran de que no eran su verdadero enemigo sino que el estaba presente en todo el digimundo y él era el que causaba esa curvatura en el Digimundo y que los Amos Oscuros solo eran producto de esa curvatura. Así los niños elegidos durante los dos últimos capítulos deben enfrentarse al último digimon oscuro, Apocalymon, quien sólo con su existencia hacía peligrar los dos mundos. Luego de una breve batalla, él destruirá los emblemas y los digimon no podrán digievolucionar, pero los niños descubren que los emblemas eran realmente sus corazones, y al descubrir que cuando se usa el emblema también se usa el de todos, así todos vuelven a digievolucionar. Tras ello, el digimundo empieza a renacer y con él los digimon que dieron sus vidas por restaurar la paz. Sin embargo, los Niños Elegidos tienen que regresar a su mundo, por lo que se despiden de sus digimon con la esperanza de volver a verlos algún día.
